pues como a mi lo explicaron en la escuela es porque el where significa donde el was esta en pasado y te sirve para born que es nacer your es un adjetivo posesivo que signitica tu por eso esa oracion se escribe asi
Where was your father born?, y en la otra el did es un auxiliar que sirve para formar la oracion
espero te sirva mi explicación y si no deseo otra persona t explique mejor saludos!! suerte