Plenamente consciente de la presencia de microorganismos en la naturaleza, Pasteur emprendió una serie de experimentos diseñados para hacer frente a la cuestión de la procedencia de estos gérmenes. ¿Se generaban de forma espontánea en las propias sustancias o penetraban en ellas desde el entorno? Pasteur llegó a la conclusión de que la respuesta era siempre la segunda. Observó que en los cultivos que dejaba expuestos al aire aparecían gran número de microorganismos pero en los que se mantenían en condiciones estériles esto no sucedía. De este modo, Pasteur demostró que todo ser vivo procede de otro y nunca por generación espontánea. Sus descubrimientos dieron lugar a un feroz debate con el biólogo francés Félix Pouchet —y posteriormente con el reputado bacteriólogo inglés Henry Bastion— que mantenía que, en las condiciones apropiadas, podían darse casos de generación espontánea. Estos debates, que duraron hasta bien entrada la década de 1870, a pesar de que una comisión de la Academia de Ciencias aceptó oficialmente los resultados de Pasteur en 1864, dieron un gran impulso a la mejora de las técnicas experimentales en el campo de la microbiología
