* "De potestate civili, 1528"
* "Del Homicidio, 1530"
* "De matrimonio, 1531"
* "De potestate ecclesiae I eta II, 1532"
* "De Indis, 1532"
* "De Jure belli Hispanorum in barbaros, 1532"
* "De potestate papae et concilii, 1534"
* "De augmento caritatis et diminutione, 1535"
* "De eo, quod tenetur homo, cum primum venit ad usum rationis, 1535"
* "De simonia, 1536"
* "De temperantia, 1537"
* "De arte magica, 1540"
* "De regno Christi, ca. 1528"
* "Relectiones Theologicae, 1557"
* "Summa sacramentorum Ecclesiae, 1561"
De importancia es su amplio comentario, conservado también solo de modo manuscrito a las obras de Tomás de Aquino
:
* "Comentario a la Secunda secundae de Santo Tomás", ed. Vicente Beltrán de Heredia, 6 volúmenes, Salamanca 1932-1952.
* "Textos inéditos de Francisco de Vitoria", en Friedrich Stegmüller:"Francisco de Vitoria y la doctrina de la gracia en la Escuela salmantina". Barcelona 1934: 166-482
