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Con la ejecución del Proyecto Hidrometeorológico Centroamericano (PHCA, 1967-1972) bajo la coordinación del Comité Regional de Recursos Hidráulicos (CRRH) y con el auspicio de la Organización Meteorológica Mundial (OMM), apoyado por el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) se acordó unificar criterios para el trazado y numeración de las cuencas hidrográficas principales en todos los países del istmo centroamericano (Costa Rica, El Salvador, Guatemala, Honduras, Nicaragua y Panamá).El proyecto se desarrolló con la finalidad de asignar una nomenclatura a las estaciones hidrometeorológicas y así facilitar el procesamiento e intercambio de información. Además, sentó las bases para el fortalecimiento de la red de estaciones meteorológicas e hidrológicas que sirven para determinar la disponibilidad, en cantidad y calidad, del recurso hídrico superficial.En ese entonces, se acordó que a las cuencas de la vertiente de Atlántico se le asignarían números impares comenzando con la cuenca N° 1 en Guatemala, hasta la 121 en Panamá, y las de la vertiente del Pacífico, números pares desde la 2 a la 164.Como resultado del Proyecto Hidrometeorológico Centroamericano, el territorio continental e insular de la república de Panamá, con un área de 75,524 km2, se ha dividido en 52 cuencas hidrográficas. De estas cuencas, 18 están en la vertiente del mar Caribe (30% del territorio nacional) y le corresponden números impares comenzando desde la 87 hasta la 121; y 34 pertenecen a la vertiente del océano Pacífico (70% del territorio nacional), con números pares desde la 100 hasta la 166. Cabe destacar que las áreas de las cuencas de la república de Panamá varían entre 133.5 km2 correspondiente al río Platanal (cuenca N° 107) y 4,984 km2  del río Bayano (cuenca N° 148).CUENCAS HIDROGRÁFICAS DE PANAMÁN° de CuencaNombre del RíoÁrea total de la cuenca(Km2)Longitud del Río(Km)Río principal de la Cuenca87Río Sixaola *509.4146.0Sixaola89Ríos entre el Sixaola y Changuinola222.537.3San San91Río Changuinola3202.0110.0Changuinola93Ríos entre Changuinola y Cricamola2121.051.9Guariviara95Río Cricamola y entre Cricamola y Calovébora2364.062.0Cricamola97Río Calovébora485.039.0Calovébora99Ríos entre Calovébora y Veraguas402.244.8Concepción100Río Coto y Vecinos *560.052.0Palo Blanco101Río Veraguas322.846.0Veraguas102Río Chiriquí Viejo1376.0161.0Chiriquí Viejo103Río Belén y entre R. Belén y R. Coclé del Norte817.055.6Río Belén104Río Escárrea373.081.0Escárrea105Río Coclé del Norte1710.075.0Coclé del Norte106Río Chico593.369.0Chico107Ríos entre Coclé del Norte y Miguel de la Borda133.514.2Platanal108Río Chiriquí1905.0130.0Chiriquí109Río Miguel de la Borda640.059.5Miguel de la Borda110Río Fonseca y entre R. Chiriquí y Río San Juan1661.090.0Fonseca111Río Indio564.492.0Indio112Ríos entre el Fonseca y el Tabasará1168.067.0San Félix113Ríos entre el Indio y el Chagres421.436.9Lagarto114Río Tabasará1289.0132.0Tabasará115Río Chagres3338.0125.0Chagres116Ríos entre el Tabasará y el San Pablo1684.056.5Caté117Ríos entre el Chagres y Mandinga1122.034.1Cuango118Río San Pablo2453.0148.0San Pablo119Río Mandinga337.041.3Mandinga120Río San Pedro996.079.0San Pedro121Ríos entre el Mandinga y Armila2238.026.5Cartí122Ríos entre el San Pedro y el Tonosí2467.040.4Río Quebro124Río Tonosí716.891.0Tonosí126Ríos entre el Tonosí y La Villa2170.045.0Guararé128Río La Villa1284.3117.0La Villa130Río Parita602.670.0Parita132Río Santa María3326.0168.0Santa María134Río Grande2493.094.0Río Grande136Río Antón291.053.0Río Antón138Ríos entre el Antón y el Caimito1476.036.1Chame140Río Caimito453.072.0Caimito142Ríos entre el Caimito y el Juan Díaz383.06.0Matasnillo144Río Juan Díaz y entre Río Juan Díaz y Pacora322.022.5Juan Díaz146Río Pacora388.048.0Pacora148Río Bayano4984.0215.0Bayano150Ríos entre el Bayano y el Sta. Bárbara1270.022.4Chimán152Río Sta. Bárbara y entre Chucunaque1796.078.1Sabanas154Río Chucunaque4937.0215.0Chucunaque156Río Tuira3017.0127.0Tuira158Río Tucutí1835.098.0Tucutí160Ríos entre el Tucutí y el Sambú1464.023.9Marea162Río Sambú1525.080.0Sambú164Ríos entre el Sambú y el Juradó1158.046.7Jaqué166Río Jurado *91.263.0JuradóNotas:     *     Cuencas Internacionales.
Las áreas en cuencas internacionales solo corresponden al territorio panameño.
Las áreas de las cuencas son medidas hasta la Desembocadura del río principal.