la diferencia es en la cadena transportadora de electrones. En la respiracion aerobia, el aceptor final de electrones es el oxigeno. El oxigeno es muy buen aceptor y se obtiene mucha energia usandolo. La respiracion anaerobia usa otros aceptores diferentes del oxigeno como el nitrato, metales, sulfato, etc.
En la respiracion aerobia el producto final es agua, en la respiracion aanaerobia, el producto varia segun el aceptor que uses. Por lo general, la respiracion anaerobia produce menos energia,
En fermentacion el donador de electrones y aceptor de electrones es un compuesto organico.
Los animales usan respiracion aerobia y a veces fermentacion (como en los musculo). las bacterias, y hongos pueden usar la respiracion anaerobica. Las bacterias son particularmente versatiles en cuanto a que aceptores de electrones pueden usar.
espero q te guste