Diego de Almagro y Francisaco Pizarro se enfrentaron en la batalla de las Salinas (1538), cerca de Cuzco. Los almagristas son derrotados y Diego de Almagro procesado, condenado a muerte y ejecutado por Hernando Pizarro, en la Plaza Mayor de Cuzco (8 de julio de 1538).
Tras la muerte de Almagro, Pizarro se dedicó a consolidar la colonia y a fomentar las actividades colonizadoras (envía a su hermano Gonzalo a Quito y a Pedro de Valdivia a Chile)
Sin embargo, los partidarios de Almagro se agruparon en torno a su hijo Almagro el Mozo, los cuales, bajo el mando de Juan de Rada entran en la residencia de Francisco Pizarro en Lima y le dan muerte el 26 de junio de 1541 de una estocada en el cuello.
