El rasgo más destacado de la obra por historietistas y periodistas especializados es la amplitud de interpretaciones sutiles, referencias veladas o segundas lecturas (algunas incluso involuntarias) que podrían hacerse de la misma. El propio Oesterheld, por ejemplo, indica que en El Eternauta el protagonismo siempre recae en un grupo de personas, más grande o más pequeño, conformando un «héroe en grupo» al que considera más valioso que el clásico héroe individual que triunfa sin ayuda de otros.
El comentario más frecuente señala en los invasores y en sus métodos referencias veladas a los golpes de estado que a menudo vivía el país. En este sentido, cabe señalar que las tres versiones escritas por Oesterheld (la primera, la de Breccia y la segunda) coincidieron con los gobiernos de facto de Pedro Eugenio Aramburu, Juan Carlos Onganía y el Proceso de Reorganización Nacionalrespectivamente.
También se ha señalado que —exceptuando a los «Ellos», que son mencionados pero no aparecen en ningún momento— ninguno de los invasores es realmente de naturaleza malvada: se trata de seres forzados a cumplir la voluntad de otros. En este detalle se ha querido ver una crítica a la guerra en forma conceptual, o incluso un alegato sobre la lucha de clases.
