La primera diócesis del Perú, la del Cuzco, cuyo obispo fue fray Vicente Valverde, abarcaba prácticamente todos los territorios conquistados conocidos en aquella época. Un territorio inmenso y difícil, cuyo cuidado pastoral era desproporcionado para las fuerzas evangelizadoras de que se disponía. Por ello, con el fin de facilitar la labor evangelizadora, Francisco Pizarro y el mismo obispo Valverde solicitaron a Carlos V que se procediese a la división de la diócesis cuzqueña en tres obispados. El Rey se lo pidió al Papa, de acuerdo al régimen del Patronato. De este modo, Pablo III creó el 4 de mayo de 1541 las diócesis de Los Reyes (Lima) y Quito, reduciéndose considerablemente el territorio de la diócesis del Cuzco.
